日本公司报税分为2种，一种是离岸公司，也就是在日本注册了公司但是没有在日本当地经营以及做商业活动，这种情况不需要交税，但是需要对日本公司进行年审，另一种是在日本公司注册了公司，在日本实地经营，那么就会产生相关的税务，需要每月、每年提交财务报表进行报税，并进行日本公司年审。
对于日本实际经营的公司，就必须依据其全球营业收入情况，向日本政府申报税务，并缴纳相应税金，也就是说，日本实行的是属地税制，对所属的公司，进行全球征税。通常，在日本实际经营的公司，会涉及多个税种，包括对企业及个人所得征收的法人税、个人所得税、都道府县民税、事业税、市町村民税，以及交易流通征收的登记许可税、印花税、房地产购置税和汽车购置税。
依照日本现行的法律要求，日本公司税务申报和税金缴纳分为期中申报缴纳和最终申报缴纳两期。
1、期中申报缴税
期中申报故名思议，就是指当某公司的会计年度超过6个月，需要在该会计年度开始之日起计满6个月后，在其后2个月内提交前6月的税务申报表，并缴纳相应税金（也可简单理解为税务半年报）。
2、最终申报缴纳
需要在财务年度结束后2个月内，依据股东大会展示的财务报告为基础，进行税务申报并缴纳相应税金（主要为法人税、法人居民税、事业税等）。但如果日本公司因特殊事件而无法按时申报税务（如审计工作未结束而无法形成财务报告，或其他不可抗力因素），可向日本税务署申请延期报税，当税务署署长同意后，日本公司报税时间才能延后。
需要注意的是，无论日本公司的税务申报工作是否获得延期批准，该公司缴纳税金的时限也不能延长。如果依据公司财报计算出的应缴纳税款中，已经包含了期中税款，则可以进行抵扣。
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